耶拿(na)高(gao)速PCR儀在單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)中的應用(yong)

耶(ye)拿(na)高(gao)速PCR儀在單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)中的應用(yong)

01

什(shen)麽是單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)

      單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)就是在(zai)單(dan)個細胞水平(ping)上對轉錄(lu)組(zu)進(jin)行(xing)測(ce)序(xu)的技(ji)術(shu)，可以研(yan)究(jiu)在單(dan)個細胞內基因(yin)表達的情(qing)況。而傳統(tong)的測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)，是在(zai)多細胞基(ji)礎(chu)上(shang)進(jin)行(xing)的，得到的是多細胞中信號(hao)的均值(zhi)，往(wang)往(wang)就(jiu)會忽(hu)略了(le)細胞的異質性(xing)，會掩蓋(gai)細(xi)胞間(jian)差(cha)異性的信號（圖1）。而(er)單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)則可(ke)以在單(dan)細胞水平(ping)上分(fen)析細胞內群體異質性(xing)，定(ding)義細(xi)胞類(lei)型(xing)，判(pan)斷(duan)細(xi)胞狀態以及細(xi)胞的動態轉(zhuan)變(bian)，在當(dang)下(xia)腫瘤方(fang)向(xiang)研(yan)究(jiu)、發(fa)育(yu)生物(wu)學(xue)、生物(wu)標(biao)誌物(wu)等(deng)研(yan)究(jiu)領域都具(ju)有(you)廣(guang)闊的應用(yong)潛(qian)力。

圖(tu)1.單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)和傳(chuan)統測(ce)序(xu)的區別（摘自(zi)網絡）

02

單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)流程

      以10x Genomics單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)為例(li)，該技(ji)術(shu)流程可以簡(jian)單(dan)總結(jie)為四(si)個(ge)步(bu)驟(zhou)，分(fen)別是：制(zhi)備樣(yang)本(ben)，單(dan)細胞微滴(di)（GEMs）生(sheng)成，構(gou)建(jian)文庫(ku)和測(ce)序(xu)以及分(fen)析(xi)（圖2）

圖(tu)2. 單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)技(ji)術(shu)流程

      其(qi)中，在逆轉錄(lu)、cDNA擴(kuo)增(zeng)以及構(gou)建(jian)文庫(ku)步(bu)驟(zhou)中，PCR儀扮(ban)演著(zhe)重(zhong)要(yao)的角色(se)，具(ju)體細(xi)分(fen)步(bu)驟(zhou)可(ke)參(can)考下(xia)圖（圖3），包(bao)括(kuo)逆轉錄(lu)，cDNA擴(kuo)增(zeng)，片段化、末(mo)端修(xiu)復和加A尾，接頭連接以及文(wen)庫(ku)擴增(zeng)步(bu)驟(zhou)：

圖(tu)3. 單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)中需要(yao)應用(yong)PCR儀(yi)的步(bu)驟(zhou)

       由(you)於單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)在使用(yong)PCR儀的過程中涉(she)及到大(da)體積(ji)的體系(xi)構(gou)建(jian)（100ul），對PCR儀加熱(re)模塊(kuai)的溫度(du)均壹(yi)性(xing)和精確(que)度(du)都有(you)較(jiao)高的性能要(yao)求，德(de)國耶拿(na)Biometra TAdvanced 96SG具(ju)有(you)優(you)異的溫控系(xi)統，溫度(du)準(zhun)確(que)性達到±0.1℃，溫(wen)度(du)均壹(yi)性(xing)達到±0.15℃，適用(yong)於5-100ul反(fan)應體系(xi)大小，是單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)流程中逆轉錄(lu)、cDNA擴(kuo)增(zeng)和文(wen)庫(ku)構(gou)建(jian)步(bu)驟(zhou)中的得力助手(shou)，可(ke)以提供(gong)穩定(ding)、可靠，更(geng)多符合下(xia)遊(you)測(ce)序(xu)要(yao)求的產(chan)物(wu)。

    值(zhi)得壹(yi)提的是，德(de)國耶拿(na)Biometra TAdvanced 96SG是10xGenomics單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)操作手冊中推薦(jian)使用(yong)的PCR儀之(zhi)壹(yi)（圖(tu)4），這也(ye)進(jin)壹(yi)步(bu)說(shuo)明(ming)10xGenomics對Biometra TAdvanced 96SG性能的肯定(ding)。

圖(tu)4. 10xGenomics在(zai)單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)手冊中推薦(jian)了(le)Analytikjena Jena的Biometra TAdvanced 96SG（摘自(zi)10xGenomics單(dan)細胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)操作手冊）